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基督教在屏東的第一間教會是里港教會，昔稱「阿里港」。在宣教師李庥牧師(蘇格蘭人)的宣教報告中，曾無數次提到有關阿里港會友的聚會情形，也提到屏東市(阿猴城)的會友在這兒聚會聽道餘年後，希望能在阿猴城設立另一個聚會所。這是1871年1月31日的記載中描述的。由此可推知屏東教會最初的信徒，該源自於阿里港聽道的這群人，時間應該是在1869年至1870年之間。
這群居住在阿猴城的會友，不願在雨季涉水到阿里港聚會，所以積極尋覓房屋，準備在阿猴城設立禮拜堂。直到1871年李庥牧師同意在阿猴城街上陳姓人家的米店中(今之復興路)設立福音堂，此時，彭根正奉派回阿猴城從事開拓聖工，乃請彭根看顧禮拜堂，且兼傳道工作，依據此記載，彭根為阿猴城教會的首任傳道者。
起先李庥牧師（英國母會所派）及黃清河河伯委託彭根在鳳山傳道，果然慕道者漸多。彭根由一個經商務農的人，變成主所重用的傳教者。後來回到屏東從事福音開拓聖工，起初參加者約有12、13人，後來人數逐漸增多，大家覺得租房子做禮拜很不方便，應自行設法建造。會友遂決定進行建堂事宜，先在媽祖廟前買下建築基地，由蘇仰華傳道負責籌備工作，全部經費預算二千元，其中「教士會」補助佔多數。至此這一段開拓期間，大概是主後一八六九至一八八○，也就是屏東設教之初期。
此後在上帝的看顧施恩之下，雖一再遇到試煉，但教勢日益復興。這段期間，會友約150名，並設小學（學生20名左右），並開辦主日學，當時學生約30名，至一八九九年之間，居住在萬丹方面的會友因交通不便，須步行或坐轎來屏禮拜，於是該地區會友另設教會，不久萬丹教會即自立。
至此之後在一九一○年教勢漸興旺，會友已漸至三百左右，聖殿不敷使用，且部份已朽壞，於是重建教堂。蒙神恩典信徒不斷增加，不得已再第二次改築禮拜堂，聖殿一再改築，且土地已無可利用，會友計議另覓適當地點，移轉禮拜堂並決定聘請牧師事宜。
一九一四年第一任牧師吳希榮(吳葛先生之次子)牧師就任後，便著手籌備新建禮拜堂，於是吳牧師家族奉獻楠仔樹腳約一千兩百坪之土地(仁愛路本教會)，並獻金錢，當時之教勢大振興，會員約有七百人，除積極建堂事宜並整頓小學，請張茂榮先生為教員。
正當建築籌備就緒動工之後，第一次世界大戰爆發，物價大為波動，原來之建築費不足，全體會員上自牧師長執，下至平信徒，無不為此是熱切祈禱，全力奉獻（以會友之土地抵押向銀行借款，婦人以自己貴重金飾獻作建堂用），至完工時共動用二萬八千元，此建築以英國教堂之設計圖1:1建造完成，聖殿建築面積七丈兩尺，闊四丈八尺，當時並沒有水泥，所以建築物皆用糯米混合糖漿所建造而成(此說法已由目前樹德科技大學古蹟維護學系鑑定此建築內有鋼筋水泥之結構，推測主樑結構接由鋼筋水泥搭建，由此推測教堂門面用磚頭包住鋼筋水泥柱)，屋頂則為大陸福州的福木為主樑搭建而成。因教堂內部寬大，當時也沒有音響設備，所以在講台下埋設六個大水缸以增加台上講道時的共鳴度，讓會友都能清楚聽到上帝的真理，教堂建築物至今85年之久，於民國十年建造完成。建築外觀為仿歌德式建築，正面尖形屋頂，似凱旋門般的三分式立面結構，由中央作對稱式的發展，塔樓高聳的斜屋頂，充滿著莊嚴神聖的意味。
